- MetaRep, an extended CMAS 3D program to visualize mafic (CMAS, ACF-S, ACF-N) and pelitic (AFM-K, AFM-S, AKF-S) projections. - Lydéric France and Christian Nicollet
Le programme MetaRep permet de fabriquer les animations 3D des diagrammes classiques tétraédriques tels que CMAS, ACFN, ACFS, appliqués aux roches de composition basique et AFMK, AFMS, AKFS, appliqués aux roches de composition pélitique. La première version de ce programme est publiée dans la revue Computers and Geosciences.
La nouvelle version présentée ici, outre une interface plus conviviale, a l'avantage énorme de ne pas nécessiter l'utilisation de Matlab, mais seulement le MATLAB Component Runtime (MCR) (attention ! utiliser la version fournie ici). En effet, MCR permet d'utiliser un éxécutable compilé avec Matlab, sans avoir Matlab installé sur l'ordinateur. Cette utilisation est gratuite.
http://www.mathworks.com/products/compiler/ : "The MCR is provided with MATLAB Compiler for distribution with your application and can be deployed royalty-free."
Installation
Téléchargez MCRInstaller (çà risque d'être un long, car il est gros !) et winxp_metarep107.rar, version compressée de MetaRep.
- Installez MCR : vous n'aurez plus à vous en occuper par la suite !
- Décompressez winxp_metarep107.rar qui crée un répertoire MetaRep (dont voici le contenu) où bon vous semble.
remarque : certains antivirus (comme symantec) considère cmdow.exe comme un spyware et l'élimine. cmdow.exe est un petit programme inoffensif bien pratique qui permet d'ouvrir les répertoires directement depuis la fenêtre de MetaRep ("open the tetraedron folder" et "open the triplot folder"). Il faut donc exclure ce petit programme de l'analyse de cet antivirus.
Avec Symantec, dans configurer, système de fichiers - auto-protect, désactivez l'auto-protect, décompressez winxp_metarep107.rar dans le repertoire MetaRep ; réactivez l auto-protect, puis, dans les options de "système de fichiers - autoprotect", cliquez sur "exclusions", puis "fichiers/Dossiers", et cochez "cmdox.exe" . Faites Ok et quitter. Vérifiez que cmdow.exe est toujours là !
Attention si vous déplacez le répertoire MetaRep : il vous faudra renouveller l'opération ci-dessus !
Lancez MetaRep
- A partir de ce répertoire Metarep, lancez l'éxécutable metarep.exe dont l'icône est le tétraèdre que voici : 
Soyez patient (qqs dixaines de secondes), une premiere fenêtre Dos s'ouvre qu'il ne faudra pas fermer. Elle permet, si vous le souhaitez, de contrôler les calculs. Encore un peu de patience et la fenêtre que voici apparait :
Vous êtes prêt à démarrer. Sélectionnez le système souhaité dans le menu déroulant 
Le cadre jaune, en bas de la fenêtre, vous informe sur les éléments et le mode de calcul :
Nommez et créez un tétraèdre vide 
. Ouvrez le répertoire qui le contient.
Dans le cadre "input files ..",
en cliquant impérativement sur la ligne rouge, sélectionnez le mode de calcul (mole ou %), et éventuellement, entre les 2 versions proposées pour CMAS. Choisir enfin le fichier *xls qui contient vos données, compositions des minéraux et/ou roches en cliquant sur "Probe file loading" du menu déroulant. Il vous est proposé de porter les points représentatifs de chaque analyse dans le tétraèdre vide (fichier du type *.wrl) que vous avez créé précédemment ou bien d'en choisir un autre (s'il existe).
Créez le fichier "données"
Pour fabriquer le fichier *xls, copiez vos analyses sur les fichiers exemples : "metabasitesC&G.xls" et "metapelites.xls"
Vous pouvez choisir le symbole, la taille (en pixels) et la couleur de chaque point.
Visualisez en 3D
La visualisation de ce tétraèdre nécessite l'utilisation d'un visualisateur 3D ; certains sont téléchargeables gratuitement comme Flux Player pour les PC (quelques commandes élémentaires de ce visualisateur) ou FreeWrl pour les Mac.
Voici le résultat :
Ajoutez un point
En utilisant ce même menu déroulant, il est possible de rajouter dans le tétraèdre un point, une ligne, un plan ou de faire une projection.
Cliquez sur la ligne "Add a point" du menu déroulant ci-dessus. Vous pouvez choisir le point représentatif d'un pôle pur d'un minéral dans la librairie proposée dans le cadre "Add a point". Vous pouvez rajouter un point aux coordonnées de votre choix ; renseignez alors la couleur (dans le pavé central), le nom (name) et les % des 4 pôles avant de cliquer sur "Export". Sélectionnez le tétraèdre.
Lorsque le total en % des 4 pôles est différent de 100, les cases sont rouges ; si vous cliquez sur "Export", ces nombres sont recalculées ; il est évidemment souhaitable de corriger et d'entrer les bonnes valeurs : les cases deviennent vertes.
Cliquez sur la ligne "Draw lines & planes" et "Add a line" du cadre "Add Line or Plane". Choisir la couleur (dans le pavé central) qui s'affiche sur le cadre entourant les pôles de la ligne. Renseignez les pôles de la ligne, soit à partir des pôles purs des minéraux de la librairie, en indiquant leurs abréviations, soit à partir des analyses du fichier *.xls, en indiquant les numéros des analyses sur le fichier (par exemple, 5 et 6 pour une ligne joignant Pl et Hbl )
Cliquez sur la ligne "Draw lines & planes" et "Add a plane" du cadre "Add Line or Plane". Choisir la couleur (dans le pavé central) qui s'affiche sur le cadre entourant les pôles du plan. Renseignez les 3 pôles du plan, soit à partir des pôles purs des minéraux de la librairie, en indiquant leurs abréviations, soit à partir des analyses du fichier *.xls, en indiquant les numéros des analyses sur le fichier (par exemple, 4, 5 et 6 pour un plan joignant Cpx, Pl et Hbl). L'opacité de ce plan peut être choisie (entre 0 : opaque et 9 : transparent).
Voici le résultat :
Voir en 3D
Cliquez sur la ligne "projections" du menu déroulant "input ..." et, dans le cadre "Projection", nommez le fichier de projection que vous allez créer. Choisissez le type de projection dans le menu déroulant ; en dehors des projections standarts (comme ici la projection sur le plan ACF à partir du pôle Qz), vous serez amené à renseigner le pôle de projection et même le plan de projection (en indiquant ses 3 sommets). Cliquez sur "Export" ...
... Cliquez sur "Open the triplot folder" pour ouvrir le répertoire qui contient le fichier de projection.
Cochez la case "Extend" pour dessiner une projection susceptible de sortir du triangle (comme la projection AFM depuis la musc : figure de droite) :
Référence à citer : Lydéric France and Christian Nicollet (2010) - MetaRep, an extended CMAS 3D program to visualize mafic (CMAS, ACF-S, ACF-N) and pelitic (AFM-K, AFM-S, AKF-S) projections.Computers &Geosciences 36, 786–791, doi:10.1016/j.cageo.2010.01.001 ; (téléchargez le fichier pdf de l'article)
Cette nouvelle version a bénéficié de l'aide précieuse de Maurice BERNARD.
